彭丽芳

讲完科学， 咱接下来讲讲政治 （待续）

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2020-3-15 19:18

彭丽芳

外电传，今天美国国务院召见了中国驻美国大使崔天凯，就中国外交部发言人赵志坚的‘美国军人把病毒传到武汉’言论交涉。 随即，外交部另一发言人耿爽回答记者问时说，这是个科学问题。 那我们就看看关于病毒传播的科学是如何讲的。

先看一下这张图一：
图中最上面的每个圆点代表一个病人，从左到右表示病毒人传人的链条。下面这个表示基因组测序。 武汉病毒是一正链RNA病毒， 全长有29903个碱基， 如图最下面表示的ATTT就是4个核苷酸碱基序列。这次疫病流行，中国应对第一个应该点赞的地方就是基因组测序。 大概在12月就完成了（具体时间等我查一查，深圳和上海都做了， 因为涉及谁隐瞒的话题， 印象很深），而且向世界公布了全序列。这至少有两方面的贡献，一是为开发疫苗争取了时间；二是建立了模板。就是中国测的病毒序列成了0号序列--模式序列。这是不可抹杀的贡献。深圳那几家华大农科院的什么单位，我知道他们的实力。测这个小case啦。

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2020-3-14 00:54

现在有了这个模式序列，我们来谈突变和族谱。目前已经知道， 这个病毒大概每2周左右就会产生一个变异。就是图中从cyan 颜色到green 之间的小黄炸点表示的。同时我们还知道，病毒人传人大概从接触到发病需要一周时间。 就是说，病毒从甲到乙，没有突变，但从乙到丙， 就有一个核苷酸碱基不同了。接下来，病毒从丙到丁，没有突变 （但比较甲和乙， 还是有一个突变，这相当于人体上的痣，是不会掉的），从丁到戊， 就又有一个核苷酸碱基不同了。 就是上图最下面列举说明的 ATTT ----> ATCT  ----> GTCT


这个原理是很简单的。 那么只要测足够多的病毒序列， 加上时间轴，结合带病毒的患者的空间位置变换或社交链条，从3个维度我们就能知道每个人的病毒是从谁身上来的。新加坡就是跟踪了每个case的传承。当然这是理论理想状态，小国可以，呼啦一下几千个case， 测不过来，也没必要，因为测序不治病不救命，只有流行学的意义。

下面这个图来自 nextstrain.org， 他们有人不停地分析病毒序列的进化， 不只是武汉肺炎病毒，SARS 和MERS，Ebola都有， 只要有序列更新，他们就重新算一下。

图二是169个样本的树枝树，3月5日的结果。左边的相当于树干，越向右越属树梢。现在证据是左边的都基本来自武汉！这个nextstrain.org 网页做的很好，有个PLAY 按钮，可以看到随时间推移病毒去哪儿了。 有兴趣的可以自己去看

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2020-3-14 01:26

再来看看美国的第一个序列是从哪来的。

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2020-3-14 01:39

这张图三就是图二的局部放大。
这个美国的第一号序列被定名为USA/WA1/2020，1月15日该患者从武汉回西雅图，据称是亚马逊公司回国相亲感染上的。 cdc是1月19日从患者身上提取病毒测序的。这个病毒标本和另一个称为fujian/8/2020 的患者身上携带的病毒一模一样。这个福建标本是1月21日采的。不光时间框架同框，两人还都是前几天离开武汉的。这在树枝树上被标识为突变3，说明他们是同一时期被武汉的未知人感染，因为他们的病毒是一模一样的亲兄弟，之间没有突变。 WA1再传给WA2， fujian 传给chongqing， 不是本楼关心的重点。

这里的结论， so far ，（用这个字让本楼像个科学家）证据表明： 美国的第一份病毒来源于武汉， 而没有证据显示武汉的病毒来源于美国。

看官可能关心突变2， 之前的突变1， 咋没有了呢？ 现在这个世界还有不怕中国的吗？ 人家网站从来用语都是小小心滴， 不光是武汉病毒一项哦。其实他家的python 程序包和数据（都是公开的）有兴趣的只要自己下载 run 一下就全知道了。